پس از سال‌ها نبردهاي خونين و جنگ‌هاي بي‌پايان، «کره‌هاي آتشين» که قدرت‌هاي فوق‌العاده‌اي در خود دارند، از چنگ «شائو کان» بيرون آمده و در اختيار قهرمانان و مبارزان دنياي «مورتال کامبت» قرار گرفته‌اند. اين قهرمانان، پس از جداسازي «کره‌هاي آتشين»، براي اطمينان از اين‌که «شائو کان» نتواند به آن‌ها دست يابد، اين کره‌ها را به صورت مخفيانه در قلمروهايي دورافتاده و ناشناخته پراکنده کرده و خود، تا زمان بازگرداندن آن‌ها به مکان اصلي‌شان، به مراقبت از آن‌ها پرداخته‌اند. اکنون، ارتش «تاريکي‌ها»، دست‌نشانده‌هاي بي‌رحم و بي‌مهر «شائو کان»، به‌طور خطرناکي به اين قلمروها نزديک شده‌اند.