داستان افرو سامورايي درباره يک سامورايي افرو است که در دوران کودکي شاهد کشته شدن پدرش در مبارزه‌اي برابر يک مجرم فراري به نام جاستيس بود. او پس از فراگيري هنر شمشيرزني به دنبال انتقام مرگ پدرش و کشتن جاستيس پرداخت.